Las funciones jurisdiccionales del Tribunal de Cuentas se ejercen a través de tres procedimientos:
- a.- Sumarios de Cuentas (art. 145),
- b.- Juicios de Cuentas (art. 146) y
- c.- Juicio de Responsabilidad (art. 151).
Son procesos previstos por la ley en los cuales se les asegura a los presuntos responsables el debido proceso legal y el derecho de defensa.
El Juicio de Cuenta puede concluir con la fijación de un cargo fiscal al cuentadante, el que en caso de no ser satisfecho por vía administrativa, constituye un título ejecutivo hábil para su ejecución por vía de juicio de apremio ante los Tribunales locales.
A través del Juicio de Responsabilidad se determina la responsabilidad de los funcionarios o agentes públicos que no sea emergente de un Juicio de Cuentas sino de hechos, actos u omisiones que originen daño al patrimonio fiscal. El presente proceso puede iniciarse de oficio o por denuncia presentada ante el Tribunal.
Sin perjuicio de lo manifestado ut supra los obligados a rendir cuentas pueden ser sometidos a Juicio de Responsabilidad, antes o después de rendir cuenta cuando se concreten daños para la hacienda pública o para los intereses puestos bajo la responsabilidad del Estado.
También puede iniciarse este proceso cuando a criterio del Tribunal, existieren hechos, actos u omisiones susceptibles de haber provocado perjuicio al patrimonio fiscal. Tal constatación podrá provenir de comprobaciones sumarias, auditorias, investigaciones administrativas o cualquier otra medida adoptada por el Tribunal u otro procedimiento adoptado por algún órgano de control que tomare conocimiento de acontecimientos o situaciones que hagan presumir la concreción de un daño al erario.
El Juicio de Responsabilidad se estructura en dos etapas: la sumarial, a cargo de un instructor designado de oficio por el H. Cuerpo y una etapa plenaria que se substanciará ante el propio Tribunal.
Los fallos condenatorios del Tribunal de Cuentas, así como las multas que impone, tienen fuerza ejecutiva y constituyen título suficiente para iniciar el cobro por la vía del juicio de Apremio.
Cuando en el trámite de los procesos mencionados o de una investigación o comprobación sumaria dispuesta por el Tribunal se compruebe la existencia de transgresiones legales o reglamentarias o irregularidades administrativas que no hayan producido perjuicio al patrimonio estatal el Tribunal puede aplicar llamados de atención, apercibimientos, multas u obligaciones contempladas en el instituto de la «probation» del Derecho Penal (art. 172).
Además puede imponer la accesoria de inhabilitación para el ejercicio de la función pública, hasta un máximo de 10 años.
El Tribunal lleva un Libro de Registro de Sanciones en donde se registran las sanciones que se aplican a funcionarios o empleados.